اولین کسی که در آنجا به توصیه رسول خدا دفن شد عثمان بن مظعون بود که از دوستان نزدیک پیامبر و امیرالمؤمنین علی علیه السلام به شمار می‌رفت؛ علی علیه السلام در سخنانش او را بسیار یاد می‌کرد و از روی علاقه‌اش به او، نام یکی از فرزندانش را عثمان نهاد. 

رسول خدا(ص) برخی از شهدای احد و نیز فرزندش، ابراهیم، را در آنجا دفن کرد و به این ترتیب بر شرافت آن افزود. بعدها که عثمان بن عفان در قبرستان یهودی‌های مدینه به اسم حس کوکب دفن شد، معاویه بقیع را به قدری گسترده ساخت که قبر عثمان در بقیع قرار گیرد.  
بقیع هم ‌اینک مزار چهار تن از امامان شیعيان ( امام حسن مجتبی(ع) ، امام سجاد(ع) ، امام باقر(ع) و امام صادق(ع) ) است. همچنین قبر بیشتر زنان پیامبر(ص) و نیز عباس عموی پیامبر(ص) و فاطمه بنت اسد، مادر امام علی علیه السلام، و برخی دیگر از بزرگان در این قبرستان قرار دارد. بقیع قبرستانی است مورد احترام همه فرقه‌های اسلامی، و اکنون در چند قدمی حرم پیامبر قرار دارد.