85 درصد از جمعیت مسلمان این کشور شیعه و 15 درصد ما بقی از اهل تسنن؛ و اکثریت شیعه از شیعیان دوازده امامی هستند. شیعیان در پایتخت "باکو" و در شهر لنکران و روستاهای اطراف آنها متمرکز هستند و اهل تسنن در شمال کشور زندگی می کنند.مهاجرانی مسیحی نیز مقیم باکو هستند و حکومت به آنها اجازه داده آزادانه مراسم عبادی خود را برگزار کنند. اسلام به دست اعراب و در قرن هفتم میلادی وارد این کشور شد. هم چنین در آذربایجان یک گروه کوچک یهودی نیز زندگی می‌کنند و در سه معبد که یکی از آنها در باکو قرار دارد به انجام مناسک دینی خود می‌پردازند. آذربایجان یک حکومت لائیک و سکولار دارد‌ که غالبا از ترس گسترش اسلام‌گرایی و تبدیل ماهیت حکومت سکولار آن به یک حکومت با اکثریت شیعه، اجازه فعالیت‌های جمعی سیاسی-مذهبی را به مسلمانان این کشور نمی‌دهد.

این کشور در سال 1806 به دست روسیه افتاد‌، در سال 1918 استقلال خود را اعلام کرد اما در سال 1920 به اتحاد جماهیر شوروی پیوست. از زمان شروع حکومت گورباچف تا نهایت آن بر تعداد مساجد در آذربایجان بسیار افزوده و بسیاری از این مساجد با حمایت مالی دولت‌های دیگر مانند سعودی، ایران و عمان ساخته شد همانطور که قرآن‌ها و کتاب‌های دینی بسیاری در میان مردم آذربایجان تقسیم شد. در سال 1991 یک حوزه علمیه تاسیس و قوانین مربوط به دین در قانون اساسی مشخص گردید ، ماده 6 قانون اساسی آذربایجان را به عنوان یک حکومت سکولار معرفی و ماده 19 جدایی دین از سیاست و برابری تمام ادیان در مقابل قانون را اعلام کرد و مقرر گردید نظام آموزش و پرورش بر اساس سیاست دولت سکولار باشد.

سیاستمدارن سکولار نگرانی‌هایی در مورد افزایش نفوذ اسلام در سیاست مطرح کرده‌اند اما دیگران معتقدند اسلام در آذربایجان یک پدیده چندوجهی است و نقش بسیار محدودی در سیاست این کشور بازی می‌کند و تعداد کمی از ساکنان آن خواهان تشکیل دولت اسلامی هستند و این مسئله به تطبیق سکولاریسم در آذربایجان در طول دهه‌های طولانی بازمی‌گردد . برخی از تحلیلگران این نظریه را داده‌اند که اگر سیاستمداران سکولار فعلی نتوانند سطح رفاهی و معیشتی مردم را بالا ببرند، اکثریت مسلمان این کشور به سیاستمداران اسلامگرا روی خواهند آورد. در حال حاضر تنها شهر" نارداران" این کشور واقع در 25 کیلومتری باکو، به عنوان یک شهر دینی باقی مانده و هویت اسلامی خود را حفظ کرده است، شهری که همواره با سیاست‌های تبعیض‌آمیز دولت سکولار روبروست و از مشکلاتی رنج می‌برد.

"کرنل" پژوهشگر سوئدی متخصص در امور سیاسی و امنیتی منطقه اوراسیا و به ویژه جنوب آسیا، قفقاز، ترکیه و آسیای میانه در اظهاراتی عنوان نموده است: در نتیجه مشکلاتی مانند فقر، فساد، نحوه حکومت و ناامیدی از غرب و پشتیبانی از برخی گروه‌های دینی توسط دولت‌های خارجی، افراط‌گرایی دینی در آذربایجان در حال افزایش است، اما وی با این وجود معتقد است که گروه‌های افراطی هم چنان ضعیف هستند و می‌افزاید: درست است که این افراد در حال حاضر قدرت چندانی ندارند اما در شرایط منطقه‌ای و بین المللی فعلی امکان رشد آنها بسیار بالاست.

"گروه بین‌المللی بحران"، که یک سازمان غیردولتی تحقیقاتی متشکل از سیاست‌مداران برجسته غربی است در گزارش خود در مورد اوضاع دینی آذربایجان آورده است: آذربایجان دولتی لائیک دارد و اغلب ساکنان آن میانه‌رو هستند.

اما با این حال، شرایط منطقه و بحران‌های ناشی از گسترش تروریسم، تکفیری‌ها و وهابیت در کشورهای سوریه، عراق و لبنان، آذربایجان نیز بدلیل داشتن اکثریت شیعه، در معرض خطر هجوم سلفی‌ها قرار دارد که تا کنون بدلیل حکومت سکولار آن و پیمان‌های متعدد با کشورهای صادرکننده تررویسم - از جمله رژیم اسرائیل، آمریکا و برخی کشورهای منطقه - این گروه‌ها همانند آتشی در زیر خاکستر به حیات خود ادامه‌ داده‌اند.

سلفی‌ها یکی از گروه‌های افراط‌گرای آذربایجان هستند. "رفیق علی اف" رئیس مرکز تحقیقات اسلامی جمهوری آذربایجان در سال 2005 نسبت به افزایش فعالیت گروه‌های سلفی این‌چنینی هشدار داد. در اکتبر سال 2007 دولت آذربایجان اعلام کرد یک توطئه تروریستی پیچیده علیه سفرای کشورهای آمریکا و انگلیس و نیز سازمان‌های دولتی‌ را خنثی کرده، یکی از تروریست‌ها را کشته و تعداد دیگری را هم دستگیر نموده است. وزارت خارجه آذربایجان در آن زمان تصمیم گرفت سفارت آمریکا و انگلیس را به دلایل امنیتی برای مدتی تعطیل کند.

این گروه سلفی افرادی نفوذی در ارتش آذربایجان داشت؛ کسانی که 20 نارنجک، مسلسل، تفنگ و دیگر ادوات نظامی را برای حمله برنامه‌ریزی شده به سفارت‌های آمریکا و انگلیس به سرقت برده بودند. شیخ الاسلام پاشازاده رئیس جامعه مسلمانان قفقاز که از سوی برخی عناصر وهابیت نیز مورد تهدید قرار گرفته عنوان نمود: فعالان در مسجد ابوبکر، سلفی هستند و به صورت غیر مستقیم از ناتوانی دولت در اجرای تدابیر ویژه برای مقابله با گروه های سلفی – وهابی در کشور آذربایجان انتقاد کرد.

القاعده و فعالیت‌هایش در آذربایجان در سال 1998 و در حمله به سفارتخانه‌های آمریکا در دارالسلام تانزانیا و نایروبی کنیا که با فکسی ارسال شده از باکو هدایت و انجام شده بود، مشخص شد. آذربایجان پس از آن با امریکا در عملیات‌های مبارزه با تروریسیم افراط‌گرا همراه شد. تعدادی از اعضای جماعت اسلامی نزدیک به القاعده در این کشور دستگیر شده و به قاهره تحویل داده شدند. یکی دیگر از اعضای القاعده به نام "ابوعطیه" در باکو بازداشت و در پی آن اذربایجان موفق به ردیابی عده ای دیگر از این عناصر در خاک خود شد.

جیش‌الله نیز یک گروهک افراطی سلفی است که فعالیت خود را از اواخر دهه نود در آذربایجان آغاز نمود و مسئولیت چند عملیات خرابکارانه از جمله حمله به یک معبد و دفتر بانک بازسازی و توسعه اروپا در باکو را بر عهده گرفت و گمان می‌رود همین گروه برای حمله به سفارت آمریکا نیز نقشه کشیده بود که موفق به انجام آن نشد. جیش‌الله به وسیله "مبارز علی اف" که یک افسر جدا شده از وزارت کشور بود در آذربایجان بنیان نهاده شد. وی با این حرکت قصد داشت سلفی‌گری را هر چه بیشتر در آذربایجان گسترش دهد. این فرد در سال 2000 بازداشت و محکوم به حبس ابد شد.

همزمان با بحران سوریه، بسیاری از این نیروهای تکفیری حاضر در آذربایجان عازم سوریه شده‌اند و بسیاری از آن‌ها نیز در درگیری با نیروهای ارتش به هلاکت رسیده‌اند. با این حال دولت آذربایجان از هرگونه حضور اتباع کشورش در جنگ سوریه و همکاری آنان با گروه‌های تروریستی و تکفیری ابراز بی‌اطلاعی می‌کند؛ بی‌اطلاعی‌ که شاید با تنگ‌تر شدن عرصه بر تکفیری‌ها در سوریه و بازگشت تروریست‌ها به کشورهایشان، برای دولت سکولار آذربایجان بسیار گران تمام شود.