سپس به تراکتور سازی پیوست و  در زمان خدمت سربازی به تهران آمد و پس از آن به پرسپولیس رفت. همان سال با پرسپولیس  قهرمان شد.
 
کریم باقری سه سال در آلمان بود یک نیم فصل در  امارات،  یک سال در انگلیس، و پنج ماه هم در السد قطر و سپس دوباره به تیم محبوبش پرسپولیس پیوست.
 
  بازی برگشت ایران و استرالیا 8 آذر 1376 در چهار چوب دور مقدماتی جام جهانی 1998 فرانسه برگزار شد. باقری در دقیقه 71  بازی توانست از فرصت بدست آمده استفاده کند و گل اول ایران را وارد دروازه استرالیا کند.
 
کریم باقری پس از هشت سال و نیم حضور در تیم ملی و ثبت رکورد 80 بازی و 47 گل ملی برای خود بعد از آخرین دیدار ایران به مرحله مقدماتی جام جهانی 2002 در روز 24 آبان، سال 1380 و در حالیکه 27 سال و 268 روز سن داشت در کمال تعجب تصمیم گرفت خداحافظی زود هنگامی با فوتبال ملی داشته باشد.
 
 البته باقری در زمان سرمربیگری علی دایی بار دیگر، به تیم ملی دعوت شد. وي  با تامل بسیار سر انجام در  بازی دوستانه تیم ملی  ایران و قطر  که در تاریخ 19 آبان 87 برگزار شد،  بعد از حدود 8 سال  بازی کرد و در تاریخ 25 آبان 87 چهل وهشتمین گل خود را در بازی  مقابل امارات به ثمر رساند.
 
 وی سر انجام در تاریخ 15 مهر 1389  در بازی دوستانه ایران با برزیل  در شهر ابوظبی با انجام هشتاد وهفت بازی ملی برای همیشه از فوتبال ملی خداحافظی کرد.
 
 سایت فیفا درباره بازگشت باقری به تیم ملی  ایران، این بازیکن را با زین الدین زیدان مقایسه کرد. 

انتهاي پيام/