بیست ساله بود که با شهادت پدرگرامی اش امام صادق(ع) به مقام امامت نایل شد و آوازه و شهرت کرامت و علم و حلم و عبادتش همه جا را فراگرفته تا حدی که هارون الرشید هم می دانست که حجت خدا در زمین اوست.
خلفای عباسی برایشان سخت بود که حضور آزادانه اش را تحمل کنند. مهدى از خلفای عباسی حضرتش را به عراق طلبید و محبوس گرداند اما به سـبـب مـشـاهـده مـعجزات بسیار جرأت آزارش را نداشن و به مدینه بـرگـردانـد و بعد از آن هادى خلیفه پس از او در حبسش نهاد اما شبی امیرالمؤمنین علیه السلام را در خواب دید که به او فرمود:«فـَهـَلْ عـَسـَیـْتـُمْ اِنْ تـَوَلَّیـْتـُمْ اَنْ تُفْسِدُوا فِى الاَرْضَ وَ تُقَطِّعُوا اَرْحامَکُمْ؟»
چـون بـیـدار شد مـراد آن حضرت را فهمید و امر به آزادی اش کرد؛ پس از آن خلافت به هارون الرشید رسید.

وقتی مامون شیعه گی را از هارون می آموزد
مأمون فرزند هارون الرشید روزی در جمع درباریانش می گوید:«مى دانید چه کسی تشیع را به من تعلیم کرد؟ همه پاسخ می گویند: نه ! به خدا نـمى دانیم ، می گوید: هارون الرشـیـد!
همه با تعجب می گویند: ایـن چـگـونـه بـود وحال آنکه رشید اهل بیت را مى کشت؟ و مأمون پاسخ می دهد: براى مُلک مى کشت زیرا که ملک عقیم است. و ادامه می دهد: من با پـدرم رشـیـد سالى به حج رفتیم وقتى که به مدینه رسید به دربان خود گفت : کـسـى بـر مـن داخـل نـشود مـگـر آنـکـه نـسـب خـود بـاز گـویـد، پـس هرکـه داخل مى شد مى گفت من فلان بن فلانم و تا جد بالاى خود هاشم یا قریش یا مهاجر و یا انـصـار را بـر مـى شـمرد، پس اورا عطایى مى داد و پنج هزار زر سرخ و کمتر تا دویست زر سرخ به قدر شرف پدرانش .
فضل بن ربیع آمد و گفت: یا امیرالمؤمنین! بر در کسى ایـسـتـاده است و اظهار مى دارد که او موسى بن جعفر بن محمّد بن على بن الحسین بن على بن ابـى طـالب اسـت. من و امین و مؤتمن و سایر سرداران درکنار پدرم ایـسـتـاده بـودیـم؛ روبـه مـا کـرد و گفت : خود را محافظت کنید، یعنى حرکت نالایق نکنید. سپس گفت اذن دهید او را و فقط باید کنار من بنشیند؛ پیرمردى داخل شد که از کثرت بیدارى شب و عبادت زرد رنگ، گران جسم و اما سپیده روى بود و عبادت اورا گداخته بود، همچو مشک کهنه شده و سجود روى و بینى اورا خراش وزخم کرده بود و چون خواست از مرکبش پیاده شود، رشید بانگ زد: قسم به خدا که نه! میا مگر بر بساط من! دربانان از پیاده گشتنش مانع شدند.

ما همه به نظر اجلال و اعظام در اونظر مى کردیم و اوهمچنان بر حمار سواره بـیـامـد تا نزد بساط همه گرد اودرآمده بودند. فرود آمد، و رشید برخاست و تـا آخـر بـسـاط، اورا اسـتـقـبال نمود و رویش و دو چشمش ببوسید و دستش بگرفت و او را به صدر مجلس درآورد و پهلوى خود نشانید و با اوسخن مى گفت و روى به او داشت. از اواحـوال مـى پـرسـیـد، سپـس گـفـت : یـا ابـا الحـسـن ! عـیـال تـو چند نفرند؟ فـرمـود: از پانصد در مى گذرند، گفت : همه فرزندان تواند؟ فـرمود: نه ، اکثرشان موالى و خادمانند اما فرزندان من سى وچند است ، این قدر پسر و این قـدر دخـتـر، گـفـت : چرا دختران را تزویج نمى کنى؟ فرمود: دسترسى آن قدر نیست، گفت: ملک و مزرعـه تو چقدر است؟ فرمود: گـاه حـاصل مى دهد و گاه نمى دهد، گفت: قرضی دارى؟ فرمود: آرى، گفت: چقدر مى شود؟ فـرمـود: حدودا ده هـزار دیـنـار مـى شـود. گـفـت: یـابـن عـم! مـن تورا آن قدر مال مى دهم که پسران را داماد و دختران را عروس و مزرعه را تعمیر کنى.

حضرت او را دعا کرد.آنـگـاه فـرمـود: اى امیـر! خداى ـ عزوجل ـ واجب کرده است بر والیان عهد خود، یعنى ملوک و سلاطین که فقیران امت را از خاک بردارند و از جانب اربابان وامهاى ایشان را بپردازند و صـاحـب عـیـال را دسـتـگـیرى کنند و برهنه را بپوشانند، و به اسیران محنت و تـنـگـدستى، مـحـبـت و نـیـکـى کـنـند و تو اولى از آنان که این کار کنند، گفت : مى کنم یا اباالحسن ، بعد از آن برخاست و رشید با او برخاست و دو چشمش و رویش ببوسید، پس روى به من و امین و مؤتمن کرد و گفت : یا عبداللّه و یا محمّد و یا ابراهیم ! بروید همراه عمو و سید خـود و رکاب او را بگیرید و او را سوار و جامه هایش را درست و مـشـایـعـتش کنید. پس ما چنان کردیم که پدر گفته بود، و در راه که در مشایعت او بودیم ، حضرت ابوالحسن علیه السلام پنهان روى به من کرد و مرا به خلافت بشارت داد و گفت : چـون مالک این امر شوى با پسرم نیکویى کن، پس بازگشتیم و من از فرزندان دیگر بر پدر جـرأت بـیشتر داشتم. چون مجلس خالى شد با اوگفتم : یا امیرالمؤمنین ! این مرد که بـود کـه تو او را تعظیم و تکریم نمودى و براى اواز جای خود برخاستى و استقبال نمودى و بر صدر مجلس نشاندى و از او پایین تر نشستى ، بعد از آن ما را فرمودى تـا رکـاب اوگرفتیم ؟

گـفت : این امام مردمان و حجت خداست بر خلق و خلیفه او است میان بـنـدگـان. گـفـتـم: یـا امـیرالمؤمنین! این صفتها که گفتى همه از آن توست و در تـو اسـت ، گـفت : من امام جماعتم در ظاهر به قهر و غلبه؛ و موسى بن جعفر علیه السلام امام حـق اسـت واللّه ! اى پـسـرک مـن او سـزاوارتـر اسـت بـه مـقـام رسـول خـدا صلى اللّه علیه وآله و سلم از من و از همه خلق؛ و به خدا که اگر تو در این امر، یـعـنـى دولت و خلافـت با من منازعه کنى سرت که دو چشمت در اوست می برم؛ زیرا که ملک عقیم اسـت.

چـون موسى بن جعفر علیه السلام خـواست از مدینه به جانب مکه حرکت کند رشید فرمود تا کیسه سیاهى در آن دویـسـت دیـنـار کـردنـد وروى بـه (فضل) کرد وگفت : این را نزد موسى بن جعفر بـبر و بگو امیرالمؤمنین مى گوید ما در این وقت دست تنگ بودیم و خواهد آمد عـطـاى مـا بـه تـو بـعـد از ایـن ، مـن بـرخـاسـتـم و پیشرفـتـم و گـفتم : یا امیرالمؤ منین! تـوپـسـرهـاى مـهـاجـران و انـصـار و سـایـر قـریـش و بنى هاشم را و آنانکه نمى دانى حسب و نـسبشان را پنج هزار دینار و مادون آن مى دهى و موسى بن جفعر علیه السلام را دویست دیـنـار مـى دهـى حـال آنـکـه او را اکـرام واجـلال و اعـظام کردى؟
گفت: اسکت لا امّ لک!(خاموش باش بی مادر) اگر من مال بسیار عطا کنم اورا ایمن نباشم از او که فردا بر روى من صـد هـزار شمـشیر از شیعیان وتابعان خود بزند؛ تنگدست و پریشان باشند او و اهلبیتش بهتر است براى من و براى شما از اینکه فراخ باشد دستشان و چشمشان.»

شبیه علی(ع) در کشاکش کوچه های مدینه
یحیى برمکى که اعظم وزراى هارون است تا می تواند از حضرتش بدگویی می کند و هارون را به فکر می اندازد.
تا اینکه روزى هارون می پرسد: آیا مى شناسید از آل ابـى طـالب کـسـى را کـه احوال موسى بن جعفر از اوسؤال نمایم ؟
اطرافیان هارون على بن اسماعیل بن جعفر برادرزاده حضرتش را که احسان بسیار نسبت به او کرده انتخاب می کنند.
به امر هارون نامه اى به علی بن اسماعیل نوشته و او را می طلبند، چون حضرتش بر آن امـر مـطـلع می شود اورا طلبیده و می گوید :
- قصد سفر به کجا دارى ؟
- بغداد.
- براى چه مـى روى ؟
- پریشان شده ام و قرض بسیارى به هم رسانیده ام .
- مـن قـرض تـو را اداء مـى کـنـم و خـرج تـو را مـتـکـفـل مـى شـوم.
قبول نکرده و می گوید: مرا وصیتى کن! و امام می فرماید: وصیت مى کنم که در خون من شریک نـشوى و اولاد مرا یتیم نگردانى.
باز می گوید: مرا وصیت کن ! و باز امام همان وصیت را تا سه بار تکرار فرموده و سیصد دینار طلا و چهار هزار درهم به او عطا می فرماید. وقتی برای رفتن از جابلند می شود حضرتش به حاضران می گوید: بـه خـدا سوگند که در ریختن خون من سعایت خواهد کرد و فـرزنـدان مـرا بـه یـتـیـمـى خـواهـد انـداخـت ! حاضران می گویند: یـابـن رسـول اللّه ! اگـر چـنـیـن اسـت چـرا بـه او احـسـان مـى نـمـایـى و ایـن مال جزیل را به او مى دهى . کریمانه می فرماید: پـدران مـن روایـت کرده اند از رسول خدا صلى اللّه علیه وآله و سـلم کـه چون کسى که با رحم خود احسان کند و او در بـرابـر بـدى کـنـد و ایـن کس قطع احسان خود را از او نکند حق تعالى قطع رحمت خود را از او مى کند و او را به عقوبت خود گرفتار مى نماید.

على بن اسماعیل به بغداد می رسد، یحیى بن خالد برمکى اورا به خانه می برد و با او توطئه می کند که وقتی به مجلس هارون رود چیزی نسبت به حضرتش گوید که هـارون را بـه خـشـم آورد؛ هنگامی که نزد هارون می رود می گوید : هرگز ندیده ام که دو خلیفه در یک عصر بوده باشند، تو در این شهر خلیفه، و موسى بن جعفر در مدینه خلیفه است ، مردم از اطراف عالم خراج براى او مى آورند وخزانـه ها به هم رسانیده و ملکى را به سى هزار درهم خریده و نام او را یسیره گذاشته است.
هارون دستور می دهد دویست هزار درهم به اوبدهند، اما وقتی علی بن اسماعیل به خانه باز می گردد دردى در حـلقـش رسیده و هلاک می شود!

هارون که از سخنان علی بن اسماعیل نسبت به امام بیمناک شده، براى استحکام خلافت فرزندانش بـه گـرفتن بیعت حضرت اراده حج کرده و دستور می دهد عـلمـا و سـادات و اشـراف هـمـه در مـکه حاضر شوند که از ایشان بعیت بگیرد و خبر ولایتعهدی فرزندانش را منتشر کند.
یعقوب بن داود می گوید: هنگامی که هارون به مدینه آمد، من شـبـى بـه خـانـه یـحـیـى بـرمـکـى رفـتـم و اونقل کرد که امروز شنیدم که هارون نزد قبر رسـول خـدا صـلى اللّه عـلیـه وآله و سـلم بـا ایشان صحبت مى کرد که پدر ومادرم به فداى توباد یا رسول اللّه ، من عذر مى طلبم در امرى که اراده کرده ام در باب موسى بن جعفر، مـى خـواهـم اورا حـبس کنم براى آنکه مى ترسم فتنه برپا کند که خونهاى امت توریخته شـود؛ و یحیـى ادامه داد: چـنـیـن گمان دارم که فردا او را خواهد گرفت .

امام فردای آن روز در مسجد النبی مشغول نماز و نیایش است که هارون فـضـل بـن ربـیـع را نزدش می فرستد؛ در هنگام نماز حرمت نگه نمی دارند و حضرتش را کشان کشان از مسجد به بیرون می برند. روبه مزار جد بزرگوارش رسول الله (ص) کرده و می گوید: یا رسـول اللّه! بـه تـوشـکـایـت مـى کـنـم از آنـچـه از امـت بـدکـردار تـو بـه اهل بـیـت بـزرگـوار تو مى رسد.

صدای گریه مردم از هر طرف بلند می شود، گویی خاطره رفتار نامردان با مادر گرام اش زهرا(س) و بی حرمتی به علی (ع) در میان همین کوچه ها برایشان تداعی شده باشد. یاد روزهایی که برای گرفتن بیعت کشان کشان علی(ع) را به سمت مسجد می بردند و مادرت در حال دفاع از او...

حضرت را نزد هارون می برند ، هارون که حرمت شکنی راتمام کرده زبان به دشنامت باز می کند و توهین می کند و دستور به حبس می دهد. از ترس شورش مردم دو محمل ترتیب می دهد و یکی را به بصره و دیگری را به بغداد می فرستد که مردم ندانند به کدام سو برده اند حضرت را.

حسان سروى را همراهش می کند؛ اوحضرتش را در بـصـره بـه عیسى بن جعفر امیر بصره و پسر عموى هارون بود تسلیم می کند و وی ضرت را در اتاقی محبوس می گرداند.
یکی از ماموران عیسی می گوید در ایام حبس مدام ذکر حضرتش این بوده که: خـداونـدا! مـن پـیـوسـته از تو می خواستم که زاویه خلوتى و گوشه عزلتى و فراخ خاطرى از جهت عبادت و بندگى خود مرا روزى کنى، اکنون شکر مى کنم که دعـاى مـرا مستجاب گردانیدى ، آنچه مى خواستم عطا فرمودى!

یـک سال از حبس می گذرد و هارون مدام نامه می نویسد که عیسی حضرت را به شهادت برساند اما او جرأت نمی کند تا اینکه برای هارون نامه می نویسد که «حـبـس مـوسـى(ع) نـزد من طـول کـشـیـد و من بر قتل وى اقدام نمى کنم، مـن چندان که از حال او تفحص مى کنم به غیر از عبادت و تضرع و زارى و ذکر و مناجات با قاضى الحاجات چیزى نمى شنوم و نشنیدم که هرگز به تو یا بر من یا بر احدى نفرین نماید یا به بدى از ما یاد نماید بلکه پیوسته متوجه کار خود است به دیگرى نمى پردازد، کسى را بفرست که من اورا تسلیم اونمایم و الاّ او را رها مى کنم و دیگر حبس و زجر او را بر خود نمى پسندم».

نامه عیسى به هارون می رسد و وی دستور می دهد حضرت را از بـصـره بـه بـغـداد بـرند و نـزد فضل بن ربیع محبوس گردانند.
هـارون بـر بام خانه مى رود و به محبس نگاه می کند، لباسی می بیند که بر زمین افتاده است وکسى نیست! به ربیع می گوید: این جامه چیست که مى بینم در این خانه؟ و ربیع می گوید:این جامه نیست بلکه موسى بن جعفر اسـت ، کـه هـر روز بـعـد از طـلوع آفـتـاب بـه سـجـده مـى رود تـا وقـت زوال آفتاب.

کنیزی زیباروی را نزد حضرت می آوردند تا که به مردم بگویند از یاد خدا غافل شده و به کنیز مشغول است و حضرت را بدنام کنند اما بعد از چندی که نزدش می رسند کنیز را در حال عبادت می بینند! کنیز می گوید: چه کار دارید با این مرد که مدام به ذکر خدا مشغول است؟ و کنیز را نیز از محضرت دور می کنند.
هارون الرشید به یحیى بن خالد می گوید: برو نزد موسى بن جعفر(ع) و آهن را از او بردار و سلام مرا به او برسان و بگو: پسر عمویت مى گوید که من پیش از این قسم خورده ام که تو را رها نکنم تا آنکه اقرار کنى براى مـن بـه آنکه بد کرده اى و از مـن خـواهـش کـنـى کـه عـفـو کـنـم آنچه از توسر زده پس از آن هـرکجا خواهى به سلامت برو. حضرت در جواب یحیى می فرماید: ابوعلى ! من مردنم نزدیک است و از اجلم چیزی باقى مانده است .

فـضـل بـن ربـیـع از دستور هارون مبنی بر کشتن حضرت اجتناب می کند و هـارون حضرت را نزد فضل بن یحیى برمکى محبوس می گرداند. فضل نیز از دستور هارون سر باز می زندو هارون باز حضرت را نزد سـنـدى بـن شـاهـک می فرستد تا محبوس گرداند.
هارون سندى بن شاهک را امر می کند که آن امام معصوم را مسموم گـردانـد و چند رطـب را به زهر آلوده کرد و به ابن شاهک می دهد که نزد حضرت برد و در خـوردن آنـهـا اصرار کند و دسـت بـر نـدارد تـا تناول کند و سندی چنین می کند و برای اینکه مردم نفهمند از زهر هارون بیمار گشته پیش از شهادت حضرت بزرگانِ مردم را می طلبد که همه ببینند در سلامت است.
می فرماید:اى جماعت گواه باشید کـه سـه روز اسـت کـه ایشان زهر به من داده اند وبه ظاهر صحیح و سالم به نظر می رسم در حالی که زهر در درون مـن جـا کـرده اسـت و در آخـر امروز سرخ خواهم شد به سرخى شدید و فردا زرد خـواهـم شـد زردى شـدیـد و روز سـوم رنـگـم بـه سـفـیـدى مـایـل خـواهد شد و به رحمت حق تعالى واصل خواهم شد؛ و در نهایت در روز 25 رجب سال 183 هجری قمری و هنگامی که 55 سال از عمر شریف حضرت می گذرد دعوت حق را لبیک می گوید و همه فرزندان و شیعیانش را غمی جانکاه فرا می گیرد.