با این حال، علی‌رغم احراز موفقیت‌های مهم در این زمینه، هنوز پرسش‌های اساسی پیرامون این صحرا وجود دارند که پاسخ‌های قانع‌کننده‌ای برای آن‌ها ارائه نشده‌اند.

تا پیش از این، فرضیه موجود این بود که صحرای آفریقا نخستین بار طی دو تا سه میلیون سال گذشته ظاهر شده اما کشفیات جدید مانند تپه‌های شنی باستانی و سوابق غبار در هسته‌های دریایی قدمت این ناحیه را تا چندین میلیون سال عقب‌تر می‌برند. با این حال، توضیحات مناسبی برای چنین کشفیاتی ارائه نشده بودند.

مطالعات جدید، مرحله «میوسن بالایی» Tortonian (تقریبا هفت تا 11 میلیون سال پیش) را به عنوان دوره زمانی محوری برای آفریقای شمالی و خلق صحرای آفریقا برشمرده‌اند. تیمی بین‌المللی از دانشمندان با استفاده از شبیه‌سازی‌های انجام‌شده و مدل NorESM، تکامل اقلیمی شمال آفریقا را از طریق تغییرات تکتونیکی عمده طی 30 میلیون سال گذشته بررسی کردند.

محققان دریافتند این ناحیه، خشکی را به همراه کوچک‌شدن اقیانوس «تتیس» (Tethys) متحمل شده است. «تتیس»، اقیانوس عظیمی بوده و منشا مدیترانه مدرن، دریاهای سیاه و خزر در طول مرحله میوسن بالایی به شمار می‌آید. این شبیه‌سازی‌ها، نخستین شبیه‌سازی‌هایی هستند که نشان می‌دهند کوچک‌شدن اقیانوس تتیس دارای دو نتیجه اصلی برای اقلیم آفریقای شمالی بوده است.

نخست این که چنین موضوعی چرخه‌های باران‌های موسمی فصل تابستان آفریقا را ضعیف کرده و در نتیجه آفریقای شمالی را خشک کرده است. دوم این که این موضوع حساسیت باران‌های موسمی تابستان آفریقا و بارش باران مرتبط با اجبار مداری را افزایش داده است.

بنابراین مرحله میوسن بالایی زمانی است که آفریقای جنوبی از یک سرزمین با پوشش گیاهی مداوم به سرزمینی تبدیل شده که چرخه‌های خشک/مرطوب را در مقیاس‌های زمانی مداری تجربه کرده است. چنین تغییرات عمده‌ای در اقلیم و محیط آفریقای شمالی با بازه زمانی ظهور نخستین انسان‌نماها قرین شده‌اند.