علاوه بر تاکید بر ضرورت توجه به حساسیت‌های طبیعی مردم و مسئولان نسبت به انتشار مطلبی در راستای حمایت از نشریه اهانت‌کننده به پیامبر اعظم(ص)، تعداد مهمی از انتقادات نیز تلویحاً یا تصریحاً  به سمت محمد قوچانی، سردبیر نشریه مردم امروز جهت گرفت؛ تا جایی که یکی از روزنامه‌نگاران و حقوقدانان جریان دوم‌خرداد، با تشبیه غیرمستقیم قوچانی و گردانندگان روزنامه مردم‌امروز به "راننده نابلدی که هر ماه یکبار تصادف می‌کند"، آنها را عامل اصلی چنین اتفاقاتی دانست.

این انتقاد به قوچانی و گردانندگان روزنامه مردم امروز از آنجا نشأت می‌گیرد که قوچانی به همراه تیمش تا کنون با توقیف 8 نشریه، رکورددار توقیف در روزنامه‌ها بوده و چندی پیش نیز اشتباهی از همین جنس در روزنامه آسمان و غیرانسانی توصیف کردن حکم الهی قصاص، موجب به محاق توقیف رفتن آسمان شده بود.

قوچانی علاوه بر مردم امروز، پیش از این "همشهری ماه"، "شرق"، "هم‌میهن"، "شهروند امروز"، "ایراندخت"، "اعتماد ملی" و "آسمان" را نیز توقیف کرده بود.

در همین راستا، کامبیز نوروزی از روزنامه‌نگاران دوم‌خردادی که در عرصه حقوق تحصیل کرده و در این حوزه نیز فعالیت دارد، در صفحه خود در فضای مجازی نوشت: "دوستان از دیرباز از نگاه بنده حقیر نسبت به حقوق و آزادی مطبوعات آگاهی دارند. اما اجازه دهید این نقد جدی صنفی را به دوستان مردم امروز داشته باشم که انچه تیتر یک و عکس یک روزنامه شد، بی‌اندازه غیرحرفه ای و خطا بود و بگذریم که آیا ارزش داشت یانه. یک روزنامه‌نگار حرفه‌ای قبل از هر چیز باید تاریخ و جغرافیای کلام را بشناسد. به سادگی می‌شد فهمید که درست بعد از شماره ای از شارلی ابدو که کاریکاتور پیامبر اسلام را منتشر کرد است ، انتشار جمله "من شارلی ابدو" هستم چقدر مشکل ساز است. صبح همان روز در جایی که دوستانی دیگری هم بودند با دیدن این صفحه یک، همگی نگران توقیف بودند. چگونه روزنامه خودش این نکته را قبلا ندید. این جور بی‌دقتی‌های غیرحرفه‌ای و گاه غیرمسئولانه را نمی توان به نقد و نظر نکشید. بی‌این نقدها و بسنده کردن به مرثیه یا حماسه‌سرایی کمکی به توسعه روزنامه‌نگاری کشور نمی‌شود. من هم از نظر حقوقی و هم از نظر روزنامه نگاری، این توقیف و هر توقیف دیگری را نمی‌پسندم، اما، در این مورد اخیر، اشتباهی بسیار غیرحرفه‌ای و بی‌توجهی به حساسیت‌هایی که یک روزنامه‌نگار حرفه ای باید آنها را حتما ببیند ، نقش بزرگی در این ماجرا داشت. وقتی یک راننده هرچندماه یکبار تصادف می‌کند، لابد رانندگی را خوب نیاموخته است."

همچنین در نقد دیگری به مردم امروز و گردانندگان آن، جمیله کدیور همسر عطاالله مهاجرانی وزیر فرهنگ دولت خاتمی که این روزها در نقش یک ضدانقلاب در لندن به سر می‌برد، در صفحه خود اقدام گردانندگان روزنامه مردم‌امروز در اهانت به پیامبر را "گل به خودی" توصیف کرده و می‌نویسد:«به عنوان کسی که سالها روزنامه نگاربوده، از توقیف ‫مردم امروز‬، مثل هر روزنامه دیگری بسیار متاسفم. با این حال به نظرم این روزنامه می توانست و می بایست بیش از این نوزده شماره عمر کند. ولی متاسفانه به دلیل یا دلایلی که بر من روشن نیست، نمی دانم چرا دوستان ‫روزنامه‬ نگاری که سالها سابقه فعالیت در نشریات مختلف داشتند و بارها مزه تعطیلی را به دلایل واهی چشیده بودند، چطور متوجه حساسیت های وضعیت فعلی (اعم از سیاسی، و فرهنگی) نبودند و به این راحتی بهانه به دست دادند.»

وی همچنین می‌افزاید: «من نمی دانم چنان تیتری برای یک روزنامه سیاسی چه تفسیری در بین همکاران روزنامه نگار می توانست داشته باشد؟ آیا این به منزله گل به دروازه خودی نبود؟ آیا آنها نمی توانستند محکومیت خشونت و افراط از یک سو و همدلی خود را با کشته شده ها از سوی دیگر، را به نحو مدبرانه تری ترسیم کنند؟ من معتقدم این بار اشتباه از جانب همکاران مان بود، ولو مورد انتقاد دوستان قرار بگیرم. خوب است گاهی اشتباهات خود را هم بپذیریم.»