این خانه دارای سه قسمت بوده است یک قسمت برای مهمان‌ها بوده است در قسمت سمت راست دالان خانه خدمتکار قرار دارد و در سمت چپ ورودی اصلی خانه ملک التجار است . اتاق های سه دری وپنج دری محل مهمانخانه بوده است.

دیوار و سقف اکثر اتاق‌ها نقاشی شده است که بعضا از آب طلا برای نقاشی بهره برده اند. نقاشی‌های زیبا و دیدنی این خانه اثر هنرمندان شیرازی است که طی روایتی 10 سال به طول انجامیده است. این آثار هنری از لحاظ اسلوب کاملا با نقاشی‌های عمارت نارنجستان شیراز هماهنگی دارد.

خانه دارای 23 اتاق است که هر اتاق ویژ گی‌های خاص خود را دارد واز نظر تزئینات داخلی یکی از شاهکارهای معماری دوران قاجاریه در یزد به شمار میرود از جمله اتاقها با نقاشی‌های بسیار زیبا :اتاق آدم وحوا، اتاق یوسف وزلیخاواتاق آیینه که در قسمت شرقی خانه وجود دارد ودر گذشته آب قنات از زیرزمین آن رد می شده است واتاق هایی با اروسی چوبی که درآن از شیشه های رنگی نیز استفاده شده و اتاق‌های دیگر با گچ بری‌های منحصر به فرد است

از جمله قسمت های خیره کننده دیگر این خانه ورودی زیبا، هشتی شش ضلعی، قسمت زمستانه، تابستانه، بهارخواب، شاه نشین، ستون های چوبی شگفت انگیز، حیاط جالب، بادگیر زیبا، حوض بزرگ و راهروهای زیرزمینی که قسمت های مختلف بنا را به یکدیگر مرتبط میکند،... بر زیبایی این بنا افزوده است.