با شروع جنگ ایران و عراق ، تصمیم گرفته شد تا برای نجات آثار موزه آبادان، مجموعه آثار جمع‌آوری‏ و به جای امن منتقل گردد و موزه آبادان در ۸ سال جنگ تعطیل بود .

بعد از پایان جنگ موزه آبادان مدت‌ها برای مرمت بسته بود که در نهایت امر موزه پس از تعطیلی ۱۵ ساله بار دیگر حیات دوباره خود را در سال ۱۳۸۲ آغاز نمود و موزه آبادان در ۵ مهر ماه (مطابق با سالروز شکست حصر آبادان) همین سال بازگشایی شد.

پس از مرمت و بازگشایی مجدد ، موزه آبادان به یک تالار اصلی و دو تالار جنبی منفک شد. تالار اصلی موزه آبادان؛ محل نمایش آثار دائمی موزه از جمله آثار به دست آمده از شوش (هزاره اول ق. م) و آثار دوره صفوی و قاجاری‌ شد. آثار مردم‌شناسی و نیز هنرهای سنتی در این مجموعه قرار گرفت.

یکی از تالارهای جنبی ‌موزه نیز به تالار نمایشگاههای موقت اختصاص داده شد و تالار جنبی دیگر را اختصاص به کتابخانه وسالن اجتماعات موزه آبادان دادند.

گنبد مخروطی ورودی اصلی موزه آبادان الهام گرفته از آرامگاه دانیال نبی در شهر شوش ساخته شد. این گند مخروطی به ارتفاع بیست و دو متر و پنجاه سانتی متر متشکل از ۸ ستون اصلی که این ستونها در راس به هم متصل می شوند ، بنا شده است. ساختمان اصلی موزه آبادان در یک طبقه ساخته شده و سالن جنبی سمت راست تبدیل به موزه مردم شناسی و پوشاک مردم خوزستان و قومهای عرب ، بختیاری ، قشقایی ، صائبین مندایی و .. است در مرکز این سالن ، ماکتی از پالایشگاه آبادان قرار دارد.

سالن اصلی موزه آبادان به مساحت تقریبی ۲۴۰ متر شامل آثاری از ایران باستان تا اواخر دوره قاجار اختصاص دارد . برخی از آثار موزه آبادان عبارتند از: بت‌های مفرغی، سرگرزه‌ها، دهانه‌های اسب، مجسمه‌حیوانات (ایلام و لرستان) ، ظرف کروی لوله‌دار خاکستری رنگ ساخته شده به شیوه چرخ‌ساز، پیکرکهای مفرغی و..است.