موزه هگمتانه را با توجه به انواع اشیاء و آثار باستانی عرضه شده میتوان به دو بخش تاریخی و اسلامی تقسیم نمود .

اشیاء هردو بخش حاصل کاوش هایی است که طی سالیان گذشته از سطح تپه و داخل کارگاههای کاوش هگمتانه و تعدادی دیگر از طریق خرید، اهداء و یا توقیف حاصل شده است. بیشترین آثار و اشیاء موزه را آثار سنگی و سفالی تشکیل می دهد.

موزه هگمتانه یک موزه باستان شناسی بوده و از طریق کاوش ها به دست آمده است و آثاری از هزاره اول پیش از مسیح تا دوران اسلامی در این موزه در معرض دید عموم قرار گرفته است.

اشیای موزه مشتمل بر دوبخش اختصاصی واستانی است ، در این مجموعه آثار سنگی ,سفالی,استخوانی وفلزی از دوره های پیش وپس از اسلام به نمایش در آمده است.

در راهرو وتالار سمت راست موزه,اشیای مکشوف از هگمتانه نگهداری می شوند.از برجسته ترین این آثار می توان به پایه ستونهای متعلق به کاخهای هخامنشی از جمله شالی ستون مربوط به دوران اردشیر دوم با متن میخی,دو مهر استامپی سنگی وشیشه ای مربوط به دوران قبل از اسلام وسرگاو از جنس سفال متعلق به دوران هخامنشی اشاره کرد.

همچنین مجموعه ای از اشیای باستانی در سالهای پیش از انقلاب به صورت حفارهای غیر قانونی از خاک خارج شده اند که آنها را منسوب به هگمتانه می دانندواکنون در موزه ملی وبعضی در موزه های خارج از کشور نگهداری می شوند.

قدیمی ترین شی این موزه مربوط به خمره سفالی مربوط به هزاره پنجم قبل از میلاد است که از نظر هنری شی بسیار ارزشمندی است.

مجموعه تابوتهای سنگی وسفالی مربوط به دوره پارتیان که از میدان شیر سنگی بدست آمده اند, خمره ها وسنگهای تزئینی با نقوش زیبا وسنگ قبرهای دوران مختلف اسلامی, شاخص ترین نماینده های آثار کشف شده استانی می باشند که در سالن مرکزی وراهروی سمت چپ موزه قرار داده شده اند.

به مناسبت هفته میراث فرهنگی و گردشگری آثار زرین و سیمین برای اولین بار به مدت یک هفته در این موزه برای بازدید عموم گشایش یافته است.

آین آثار شامل دستبند زرین ، جام نقره ای ، برگ های زرین ، گوشواره های زرین و گلدان نقره ای مربوط به دوره های هخامنشی و اشکانی است.