یکی از مشکلات مهم باشگاه استقلال، قرارداد‌های بسته شده بازیکنان در ابتدای فصل بیست و دوم لیگ برتر است.

قرارداد‌هایی که توسط تیم نقل و انتقلات این باشگاه در دوران مدیریت مصطفی آجورلو بسته شده مشکلات بزرگی به وجود آورده که یکی از آن‌ها عدم توانایی باشگاه در تسویه حساب کامل مطالبات بازیکنان است به طوریکه طبق گفته خود آبی‌پوشان تاکنون حدود ۵۰ درصد مطالبات آن‌ها پرداخت شده است.

یکی از قرارداد‌های قابل توجه استقلال، قرارداد مهدی مهدی‌پور هافبک این تیم است که علاوه بر مبلغ پایه، بند‌هایی مختلفی نیز برای افزایش دستمزد بازیکن دارد.

بر این اساس، قرارداد ۲ ساله بازیکن به مقدار ۱۲ میلیارد تومان برای فصل اول و ۱۹ میلیارد تومان برای فصل دوم (فصل جاری) خواهد بود. علاوه بر این، مبلغ ۱ میلیارد و پانصد میلیون تومان در هر فصل به عنوان حق مسکن باید به بازیکن پرداخت شود.

باشگاه استقلال بر اساس این قرارداد متعهد است مبلغ ۸۰ میلیون تومان برای حضور بازیکن در هر مسابقه لیگ برتری پرداخت کند. بندی قابل تامل که در لیگ جدید نیز اعتبار دارد و بر اساس آن حضور در کمتر از نیمی از مسابقات، حداقل یک میلیارد تومان به مبلغ قرارداد در هر فصل اضافه خواهد کرد.

همچنین ۲ میلیارد تومان نیز بند رضایت مدیرعامل در این قرارداد است که به عنوان پاداش باید پرداخت شود.

علاوه بر این موارد، بند‌های دیگری نیز در این قرارداد وجود دارند که در صورت تحقق آن‌ها، دریافتی بازیکن بالاتر می‌رفت.