گزیدهای از بیانات حضرت آیتالله خامنهای، رهبر معظم انقلاب اسلامی به مناسبت سالگرد شهادت شهید محمدجواد باهنر در خطبههای نماز جمعه سال ۶۳ منتشر شد.
بخشی از بیانات رهبر انقلاب به شرح زیر است:
«شهید باهنر واقعا یک اسوه و الگوی فراموشنشدنی، یک انسان بزرگ، یک متفکر عالیقدر، یک انسان صادق، باصفا و صمیمی، باهنر بدون شک؛ یکی از طراحان فکری این نظام است.»
یکی از کسانی است که در طول بیست و چند سال با تراوشات فکریاش، با عقل وافرش، با سواد بالایش، با هوش و ذکاوت علمی و فکری زیادش، با استعداد و قوت تفکرش در طراحی و برنامهریزی این نظام شریک بود».