امام جمعه رودبار جنوب با اشاره به شهادت دانشمند هسته ای کشور شهید فخری زاده، گفت: خواب دشمنان ما تعبیر نخواهد شد و دشمنان با حذف فیزیکی افراد، راه به جایی نمی‌برند و ذلیل خواهند شد.
بسیج مجتمع غنی‌سازی نطنز در بیانیه ای مقاومت توام با مجاهدت را راهکار پیشرفت ایران اسلامی دانست و مجازات عاملان و آمران ترور شهید فخری‌زاده را خواستار شد.
تعدادی از طلاب و دانشجویان انقلابی حوزه‌های علمیه و دانشگاه‌های تبریز عصر یکشنبه در اعتراض به شهادت محسن فخری زاده، مقابل ساختمان نمایندگی وزارت امور خارجه در این شهر تجمع کردند.
پیکر شهید محسن فخری زاده صبح یکشنبه ۹ آذر ۱۳۹۹ در حرم حضرت فاطمه معصومه (س) تشییع و با حضور آیت‌الله نوری همدانی بر پیکر این شهید بزرگوار نماز خوانده شد. بعد از آن پیکر به حرم مطهر امام خمینی (ره) منتقل و در این حرم تشییع شد.
پیکر مطهر دانشمند هسته‌ای شهید محسن فخری زاده معاون وزیر دفاع و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری صنایع دفاعی، شامگاه شنبه ۸ آذر ۱۳۹۹ در حرم مطهر رضوی طواف و تشییع شد.
معاون امور استان‌های صداوسیما در یادداشتی نوشت که آمریکا، رژیم اشغالگر قدس، ارتجاع عرب و نوکران آنها مثل منافقین متهم ردیف اول این جنایات و ترورها هستند و باید از آنان انتقام سخت گرفت.