سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری در دهم مهر ۱۳۶۰ خورشیدی برگزار شد و آیت‌الله سید علی خامنه‌ای با بیشترین آراء به عنوان رییس‌جمهوری منتخب مردم انتخاب شدند.
مجتبی شاکری از شاگردان شهید رجایی می‌گوید: شهید رجایی جزو زندانی‌های سیاسی بود که بیشترین دوره را در سلول انفرادی گذراند و بیشترین شکنجه‌ها را تحمل کرد.
۸ شهریور ۱۳۶۰، هنگامی که محمدعلی رجایی و محمدجواد باهنر در جلسه شورای امنیت کشور در ساختمان مرکزی نخست‌وزیری شرکت کرده بودند، بر اثر انفجار یک بمب قوی به شهادت رسیدند.
شهدای ۸ تیرماه سال ۱۳۶۰ در حیات سیاسی خود نه‌تن‌ها بنا بر مصلحت‌اندیشی‌های آن‌زمان، دست از مبارزه با انحراف سیاسی داخلی و مقابله با توطئه‌انگیزی‌های خارجی برنداشتند، بلکه در مسیر تحقق دولت اسلامی، از هیچ تلاشی برای خدمت خالصانه به مردم کشورمان دریغ نکردند.
دومین دوره انتخابات ریاست جمهوری در ۲ مرداد ۱۳۶۰ برگزار شد و محمدعلی رجایی با کسب اکثریت آراء به‌عنوان رئیس‌جمهوری منتخب، هدایت قوه مجریه را برعهده گرفت.