مرکز تحقیقات استراتژیک به عنوان یکی از ارکان مجمع تشخیص مصلحت نظام با اهدافی مشخص از سال 1368 در حال فعالیت است اما آنچه که این مرکز را در روزها و ماه‌های اخیر در نزد عموم بسیار مهم جلوه داده نحوه اداره این مجمع و انتخاب جانشین رئیس قبلی یعنی دکتر روحانی است که در هاله‌ای از ابهام باقی مانده است.