هدف از اجرای طرح تحول نظام سلامت رفع چالش‌های موجود در این حوزه بود اما شیوه کنونی اجرای آن فاقد توجه به سطح بندی بیماران، ارجاع و "تولید داروهای ژنریک" است.
بروکراسی‌های اداری مهمترین عامل به تعویق افتادن تولید و گسترش داروهای ژنریک است همچنین بودجه‌های ارائه شده در بیمارستانها برای اجرای طرح تحول سلامت تفکیک شده است.