شکلات ممکن است در افراد مبتلا به سندرم روده یا یبوست مزمن تحریک کننده باشد. اما برای افرادی که به خوردن شیر آلرژی دارند مواد موجود در شکلات می تواند جای شیر را برای آنها بگیرد. همچنین کافئین موجود در شکلات می تواند گرفتگی عضلات، نفخ و اسهال را تحریک کند.