فقدان این عالم خدمتگذار که عمر بار برکت خود را صرف ترویج فرهنگ اهلبیت (ع) نمود که ارتحال ایشان ضایعه‌ی عظیم برای حوز‌های علمیه خصوصا حوزه مشهدمقدس می باشد.
پیکر مرحوم آیت‌الله سید محمدمهدی موسوی خلخالی از استادان شاخص درس خارج فقه حوزه علمیه مشهد، پیش از ظهر دوشنبه ۲ دی ۱۳۹۸ با حضور جمعی از مردم و مسوولان استانی در مشهد مقدس تشییع شد.
یکی از شاگردان آیت‌الله سیدمحمدمهدی خلخالی گفت: آنچه مسلم است ایشان در اصل ولایت فقیه که مرحوم امام (ره) در دهه‌های آخر بیشتر بر آن تأکید داشتند، اصرار داشت.