البته کار CCleaner به اینجا ختم نمی شود، برای عیب یابی و رفع عیب رجیستری، نیاز چندانی به برنامه های پرحجم ندارید چرا که این نرم افزار باهوش و آرام می تواند رجیستری ویندوز شما را نیز چک کرده و ایراد های آن را رفع کند. در این کار نیز ریسک نمی کند تا مانند برخی برنامه ها شما را در دردسر بیاندازد، در ضمن قبل از شروع به رفع عیب پیشنهاد ایجاد یک BackUp برای هرگونه خرابکاری احتمالی را نیز می دهد، ناگفته نماند باز اختیار عمل دست شماست و می توانید مشخص کنید چه قسمت هایی از رجیستری عیب یابی گردند.
در قسمت Tools این نرم افزار نیز یک Uninstaller تعبیه شده که همان کار Add or Remove Programs ویندوز را انجام می دهد، می توانید به آسانی برنامه های اضافی را از روی سیستم خود پاک کنید. و نیز یک StartUp برای کنترل برنامه هایی که هنگام بالا آمدن ویندوز اجرا می شوند و Ram سیستم را در بیشتر موارد، بی جهت اشغال می کنند.