فاصله گرفتن حجت‌الاسلام والمسلمین ناطق‌نوری از جامعه روحانیت مبارز به وقایع انتخابات ریاست‌جمهوری سال 88 بر می‌گردد. یک‌سال قبل از انتخابات، این عضو جامعه با ارائه طرح کاندیدای « وحدت ملی » سعی کرد که به انتخابات پیش‌رو وجهه‌ای ملی ببخشد. مساله‌ای که از سوی دولتمردان و هواداران آن روز دولت، مثبت ارزیابی نمی‌شد و رویارویی دولت نهم با این روحانی اصولگرا را علنی کرد. اما اوج این رویارویی پس از آن بود که بعضی از اعضای جامعه روحانیت ، پس از عدم اجماع در این جامعه ، سعی کردند محمود احمدی‌نژاد را کاندیدای این جامعه معرفی کنند. این چنین بود که ناطق‌نوری در 4 خرداد 88 با گلايه از انتساب مواضع شخصي برخي افراد به اکثريت اعضاي اين جامعه گفت: با صراحت عرض مي‌کنم که جامعه روحانيت هيچ مصوبه‌اي در حمايت از هر يک از کانديداها نداشته و موضع ما در اين زمينه سکوت و دعوت به مشارکت حداکثري است.