در سال ۱۳۲۰ ه.ق «عضد السلطان» والی عراق (اراک کنونی) بود و نائب‌الحکومه خمین نیز زیر نظر او مشغول بود. در این سال تعدی خوانین بسیار اوج گرفته و اوضاع خمین بسیار نامساعد شده بود. «جعفر قلی خان»، «میرزا قلی سلطان» و «بهرام خان» خیلی به مردم تعدی می‌کردند، البته بهرام خان از آن دو زورگوتر بود. «حشمت الدوله» که در رأس همه بود، بهرام خان را زندانی کرد و وی در همین زندان یا کشته شد یا فوت کرد. بعد از آن جعفر قلی خان و میرزا قلی سلطان بیشتر مشغول تعدی به مردم شدند و پدر ما نیز جلوگیری می‌کردند.

اینها نیز تصمیم گرفتند پدر ما را از جلوی راهشان بردارند. پدر ما هم که اوضاع را بسیار آشفته می‌بیند، برای گزارش این وضعیت به والی و کمک جستن از وی قصد رفتن به عراق (اراک) می‌کنند. جعفر قلی خان و میرزا قلی سلطان هم به بهانه دیدن والی و گرفتن شغل از ایشان، قصد رفتن با پدر ما را می‌کنند. یعنی جز اتباع پدر ما باشند. نزد پدر ما می‌آیند که ما را هم به عراق ببرید تا عضدالسلطان، کاری هم با ما واگذار کند.


پدرم می‌گوید: «لازم نیست با من بایید، من از والی برای شما شغل می‌گیرم.» بنابراین، آنها در خمین می‌مانند. در این بین، زن یکی از این دو نفر که دختر «صدرالعلما» بود به پدر ما اطلاع می‌دهد که اینها نسبت به شما سوء نیت دارند. پدر ما می‌گوید غلط می‌کنند، جرأت این کارها را ندارند و سپس با ۱۰، ۱۵ سوار و تفنگچی به سوی عراق حرکت می‌کنند. تا عراق ۲ روز راه بود (۱۰ فرسخ). در بین راه یک شب می‌مانند و فردای آن روز که دوازدهم ذیقعده بود، در حالی که ایشان جلو و سواران، همه عقب بودند. [یعنی صاحب لشکر (پسر خواهر ایشان)، با سوارها عقب بودند و فقط دو نفر سوار به نامهای «کربلایی آقا محمدتقی و «میرزا آقا» آقا را همراهی می‌کردند] که می‌بینند دو سوار به آنها نزدیک می‌شوند. آن دو همان جعفر قلی خان و میرزا قلی سلطان بودند. آقا (پدر ما) می‌گوید: «قرار نبود شما بیایید»، جواب می‌دهند: «ما قرار شما را نمی‌توانستیم اطاعت کنیم». سپس مقداری نبات به پدر ما تعارف می‌کنند و ناگهان تفنگ میرزا آقا را از دوشش برمی‌دارند و از روبرو به سیدمصطفی حمله می‌کنند. تیز به قلب ایشان اصابت کرده و قرآنی که در پیراهنشان بوده نیز سوراخ می‌گردد. پس از اصابت گلوله، ایشان از اسب پایین افتاده و در حالی که ۴۲ سال بیشتر از عمر شریفشان نمی‌گذشت، در همان جا، جان به جان‌آفرین تسلیم کرد. 

سوارهایی که عقب بودند وقتی صدای تفنگ را می‌شنوند به تاخت می‌آیند و می‌بینند که ایشان به زمین افتاده و دیگر جان ندارند. سواران از جنازه مراقبت کرده تا خبر آن به اراک رسید. آن دو نفر هم فرار کرده و به سوی یکی از روستاهای الیگودرز می‌روند.
منبع خاطرات آیت‌الله پسندیده