سید علی علم الهدی از سادات شیرازی است که در نهم شعبان سال ۱۳۱۲ هجری قمری در نجف اشرف و در خاندان علم و عمل متولد شد.

پدرش آیت الله سید محمدحسین نجفی معروف به آقا نجفی، عالمی صاحب کرامت، فقیهی قدرتمند و با صراحت و از مخالفان مشروطه غیر مشروعه و از هم‌فکران شیخ فضل‌الله نوری بود.

سید علی علم الهدی پس از گذراندن دوره کودکی به اتفاق پدر به ایران آمد و در مشهدالرضا سکونت یافت و از نوجوانی وارد حوزه علمیه شد.

پس از تحصیل مقدمات و سطح نزد اساتیدی، چون آیت الله حاج ابراهیم خراسانی و فاضل بسطامی و در دروس خارج حضرات آیات حاج شیخ مرتضی آشتیانی، حاج آقا حسینقمی و حاج میرزا محمد آقازاده شرکت کرد و از مرحوم آیت الله شیخ محمد عصاره اجازه اجتهاد گرفت.

آیت الله سید علی علم الهدی پس از درگذشت پدرش، به‌جای ایشان در مسجد گوهرشاد به اقامه جماعت پرداخت. این عالم ربانی با علمای بزرگ مشهد به خصوص آیت الله شیخ علی اکبر نهاوندی مراودت داشت.

وی هفت پسر و دو دختر دارد. یکی از فرزندان ذکور ایشان، آیت الله سید احمد علم الهدی، نماینده، ولی فقیه در خراسان رضوی و امام جمعه مشهد می‌باشد.

آیت الله سید علی علم الهدی در بیست و پنجم محرم سال ۱۳۹۳ هجری قمری در مشهد بر اثر کسالت و ضعف جسمانی، دار فانی را وداع گفت و مشهد را در ماتم خود عزادار ساخت، به طوری که که بازار مشهد تعطیل و سیاهپوش شد.

پیکر مطهر آیت الله سید علی علم الهدی در حجره فراش‌ها که درب ورودی به مدرسه بالاسر بود و اکنون راه ورودی دارالسیاده به دارالولایه است، واقع در دارالسیاده‌ی حرم مطهر رضوی به خاک سپرده شده است.