حسین امیر عبداللهیان در صفحه توییتر خود در این ارتباط نوشت:

«باحضور در بیمارستان از روند درمانی کارکنان سفارت جمهوری آذربایجان⁩ مطلع شدم.

همچنین در تماس تلفنی با همکارم وزیر امور خارجه آذربایجان، پیام تسلیت دکتر رئیسی را منتقل کردم.

جمهوری اسلامی ایران آماده همکاری برای روشن شدن ابعاد حادثه است.
‏
به دولت و ملت برادر و همسایه، این حادثه تلخ را تسلیت می‌گویم.»

صبح روز جمعه وزارت خارجه آذربایجان در بیانیه‌ای از حمله به سفارت این کشور خبر داد و اعلام کرد که در این حادثه یک نفر با اسلحه کلاشینکف حمله کرد و رییس حراست سفارت باکو را کشت، دو محافظ سفارت نیز در جلوگیری از این حمله زخمی شدند.

بعد از این حادثه، ناصر کنعانی سخنگوی وزارت امور خارجه کشورمان با محکومیت این حادثه ضمن تسلیت و ابراز همدردی عمیق با خانواده این عضو سفارت و نیز دولت و ملت آذربایجان، اظهار داشت: نیرو‌های انتظامی و امنیتی بلافاصله وارد عمل شده و فرد ضارب را دستگیر کردند که هم اکنون تحت بازجویی قرار دارد.

همچنین حسین امیرعبداللهیان و احمد وحیدی وزرای خارجه و کشور با توجه به حادثه پیش آمده در سفارت جمهوری آذربایجان در تهران اهداف و انگیزه مهاجم مسلح را مورد بررسی قرار دادند.

رئیس‌جمهور نیز دستور بررسی همه جانبه موضوع را صادر کرد.

حسین امیرعبداللهیان همچنین جمعه شب با حضور در بیمارستان شهدای تجریش تهران از مجروحان این حمله مسلحانه عیادت کرد.

امیرعبداللهیان همچنین در گفتگو با وزیر خارجه آذربایجان، ضمن محکوم کردن این حادثه با اشاره به سوء استفاده دشمنان دو کشور از این حادثه تأکید کرد، نباید اجازه دهیم که این حادثه بر مناسبات دو کشور تأثیر منفی بگذارد.