به منظور هماهنگی در تامین نیاز‌های دارویی نیرو‌های مسلح و مناطق عملیاتی، از همان سال اول جهنگ تحمیلی، ستاد هماهنگی به نام ستاد دارو با هدف نظام دادن به بازار دارویی کشور بین وزارت بهداری وقت و نمایندگان نیرو‌های مسلح تشکیل شد. ستاد مرکزی دارو در تهران برای هر استان بر مبنای فاکتور‌های در نظر گرفته شده سهمیه دارویی تعیین می‌کرد.

در طول دوران دفاع مقدس رابطین دارویی نیرو‌های مسلح نیز درخواست‌های دارویی فوری خود را نیز به ستاد اعلام و سهمیه دارویی مورد نیاز خود را از طریق شرکت‌های پخش دارویی موجود در کشور دریافت می‌کردند.

خروج شرکت‌های داروسازی خارجی که بازار دارویی کشور را تا پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، به انحصار خود درآورده بودند با تصمیم منطقی و به موقع مسئولین وقت، زمینه بازبینی نظام دارویی کشور و طراحی نظام ژنریک دارویی را فراهم کرد.

مصادف شدن شروع جنگ تحمیلی با استقرار نظام ژنریک شرایط ویژه‌ای را برای نظام دارویی کشور ایجاد کرد تا از توان و تجربه ارزشمند موجود در صنایع داروسازی برای تهیه و تامین دارو‌های مورد نیاز جبهه‌های جنگ به عنوان اولین اولویت نظام تولید و توزیع دارو استفاده به عمل آید. اولویت توزیع دارو‌ها در کشور به ترتیب اول بیمارستان‌های صحرایی و پست‌های امداد، بعد بیمارستان‌های نواحی مناطق عملیاتی و سپس بیمارستان‌های مراکز استان‌هایی که پذیرای مجروحین جنگ بودند و در نهایت داروخانه‌های سطح شهر‌های کشور بوده است.

باتوجه به اهمیت تامین دارو‌های اختصاصی مورد نیاز نیرو‌های مسلح، ستاد دارو ضمن اعلام فهرستی از دارو‌های مورد نیاز نیرو‌های نظام در مناطق عملیاتی به شرکت‌های داروسازی از آن‌ها خواسته بود نسبت به احتمال بروز کمبود این دارو‌ها در کشور حساسیت بیشتری داشته باشند. همچنین با عنایت به نیاز‌های نیرو‌های مسلح به بعضی اشکال دارویی و یا فرمولاسیون‌های ویژه‌ای از دارو‌ها که در بازار دارویی کشور مصرفی نداشتند از جمله ویال آتروپین و آمپول آمیل نیتریت، مقرر شده بود بهضی از شرکت‌های داروسازی بنا به درخواست نیرو‌های مسلح و وزارت بهداری وقت، بخشی از خطوط تولید خود را به تولید اینگونه دارو‌های خاص اختصاص دهند.

از سوی دیگر به دلیل افزایش مصرف بعضی از دارو‌ها در دوران جنگ تحمیلی از جمله سرم‌های تزریقی که از مهمترین اقلام مورد نیاز نیرو‌های مسلح بودند، وزارت بهداری وقت میزان تولید آن‌ها را از طریق ایجاد خطوط جدید تولید در کشور گسترش داد. علاوه بر این از ظرفیت سازمان هلال احمر نیز برای واردات سریع برخی اقلام دارویی استفاده شد.

باگذشت حدود دو سال از جنگ و متعاقب بازگشایی مجدد دانشگاه ها، تلاش‌های زیادی از سوی این مراکز برای کمک به رزمندگان جبهه‌های جنگ صورت گرفت. این تلاش‌ها به خصوص متعاقب آغاز حملات شیمایی عراق علیه رزمندگان، جایگاه ویژه‌ای پیدا کرد و به تدریج فرماندهان نظام به این نتیجه رسیدند که می‌توانند از توان علمی دانشکده‌های داروسازی در خدمت به نیرو‌های رزمنده استفاده کنند.

چندین دانشکده داروسازی کشور در زمان جنگ نقش موثری را در تامین نیاز‌های دارویی دفاع مقدس ایفا کردند، اما در این میان، دانشکده داروسازی تهران نقش پررنگ تری نسبت به سایر دانشکده‌های داروسازی کشور داشت. در سال‌های دفاع مقدس علاوه بر سنتر آنتی دوت ها، دانشکده داروسازی تهران پروژه‌ای را نیز برای تولید دارو‌های ضد درد از جمله سولفات مرفین اجرا کرد. همچنین به منظور بررسی علمی اثرات و عوارض ناشی از سلاح‌های شیمیایی، تعدادی از دانشجویان دانشکده داروسازی تهران موضوع پایان نامه‌های خود را در این زمینه انتخاب می‌کردند.

بعد از فعال شدن دانشکده داروسازی تهران در رابطه با تامین نیاز‌های دارویی دفاع مقدس امکانات موجود در بخش‌های داروسازی این دانشکده در خدمت بهداری رزمی قرار گرفت. از تولید آمپول آمیل نیتریت به عنوان پادزهر گاز سیانوژن باید به عنوان یکی از بارزترین نماد‌های تعامل دانشکده‌های داروسازی با دفاع مقدس نام برد. این آمپول که به درخواست نیرو‌های مسلح توسط دانشکده داروسازی تهران تولید شد، عملا سبب گردید تا توانمندی‌های علمی موجود در دانشکده داروسازی در خدمت نیاز‌های جنگ قرار گیرد. با طراحی قوطی‌های امدادی مخصوص برای رزمندگان خط مقدم جبهه، خنثی سازی و درمان علائم مسمومیت ناشی از سلاح‌های شیمیایی از همان خط مقدم آغاز شد. داخل این قوطی‌ها آنچه فرد برای محافظت از عوامل شیمیایی نیاز داشت از جمله آمپول خودتزریق آتروپین و آمیل نیتریت قرار داده شده بود که توسط فرد رزمنده در مواجهه با حملات شیمیایی به راحتی مورد استفاده قرار می‌گرفت.