مسجد با صفاي "حنانه" كه يادآور مظلوميت حضرت سيد الشهداء مي‌باشد در بين راه نجف و كوفه، سمت شمال آن، واقع است.به هنگام حمل سرهاي مبارك شهيدان كربلا به كوفه، سر مقدس ابا عبدالله را بر زمين اين مسجد گذاشتند. گفته اند در اين هنگام صدايي شبيه به ناله بچه شتري (حنانه) كه مادرش را گم كرده باشد بلند شد. از اين رو بعدها در آن مكان مسجدي ساختند كه آن را حنانه ناميدند.مسجد حنانه ضريح كوچكي دارد و در نزديكي مسجد فوق، مقبره "الثويه" واقع است كه بسياري از ياران و صحابه امام علي (عليه السلام) در آن جا دفن شده اند.امام صادق (عليه السلام) در اين محل فرود آمده و نماز خوانده‌اند. هنگامي كه علّت را پرسيدند، فرمودند: وقتي سرهاي شهيدان كربلا را به كوفه مي‌آوردند تا به حضور عبيد الله بن زياد ببرند، سر مقدّس حضرت سيد الشهدا (عليه السلام) را در اين محل بر زمين نهاده اند.