امام‌جمعه اهل سنت سراوان گفت: با به شهادت رساندن اسماعیل هنیه قطعا مسیر مقاومت متوقف نخواهد شد بلکه مسیر مقاومت شعله‌ور خواهد شد و این جنایت بزرگی است قابل بخشش نیست.
مدیر حوزه علمیه سیستان‌وبلوچستان گفت: عمل تروریستی رژیم صهیونیستی در پی شهادت اسماعیل هنیه را محکوم می‌کنم و رژیم صهیونیستی به دلیل تجاوز به کشور ایران و شهادت یکی از رهبران حماس باید مجازات شود.
امام جمعه اهل سنت چابهار گفت: ترور ناجوانمردانه شهید اسماعیل هنیه در تهران نشان داد رژیم صهیونیستی امروز همچون اجداد خود به هیچ قانون و معاهده‌ای پایبند نیست و منطقه غرب آسیا تا نابودی این جرثومه فساد آرام نخواهد شد.
خلیل الحیه تاکید کرد که ترور اسماعیل هنیه نه تنها خللی در روند مقاومت مقابل اشغالگری رژیم صهیونیستی ایجاد نمی‌کند بلکه به اتحاد بیشتر میان حماس، محور مقاومت و ایران منجر خواهد شد.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفت: «اسماعیل هنیه» پس از سال‌ها مجاهدت، مبارزه و پایداری در مقابل ظلم صهیونیست‌های اشغالگر به آرزوی دیرین خود دست یافت، اما این حادثه تلخ همه ما را داغدار کرده است. قطعاً رژیم صهیونیستی تاوان بسیار سختی خواهد داد.
نماینده ولی فقیه در سیستان و بلوچستان و امام جمعه زاهدان، استاندار این استان و فرمانده قرارگاه قدس جنوب شرق سپاه با صدور پیامی مشترک شهادت اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس را تسلیت گفتند.