هر چند نظام آموزش پزشکی ما امروز در تراز جهانی جایگاهی ثبت شده برای خود دارد اما همین نظام در سال های گذشته با چالش های بسیاری دست و پنجه نرم کرده است که از جمله آنها می توان به اذعان بسیاري از کارشناسان می توان به افت کیفیت آموزش پزشکی، توسعه بی برنامه آموزش پزشکی، بیکاری بخشی از نیروهای پزشکی، ضعف ارتباطات بین المللی و از همه مهمتر مشکلات پیش روی بیمارستان های آموزشی و توسعه بی قواره دانشگاه های علوم پزشکی اشاره کرد، نکات مهمی که امروزه مورد بحث معاون جدید آموزش وزیر بهداشت و درمان هم در جلسه معارفه اش قرار گرفت.