بیش از شش سال سوریه درگیر یک جنگ نیابتی شده بود. به غیر از ارتش سوریه، گروه‌های مقاومت از سایر کشورها برای مقابله با گروهک‌های تروریستی تکفیری راهی سوریه و عراق شدند. هدف آن‌ها نابود کردن تروریست‌هایی بود که با حمایت قدرت‌های بزرگی همچون آمریکا، اسرائیل و عربستان سعودی در سوریه و عراق به جنایات بیشماری دست زدند، از جانب همین قدرت‌ها تجهیز شده و با هدف آنان در این کشورها دست به تجاوز زدند. در جریان سوریه ۸۸ کشور جمع داعشی‌ها و تکفیری‌ها را تشکیل دادند و جبهه متحد کفار منافقین برای شکستن پل مقاومت تشکیل شده بود.

با حمله تکفیری‌ها به سوریه و در خطر قرار گرفتن حرم حضرت زینب (س)، افغانستانی‌های بسیاری که در سوریه بودند، از حرم اهل بیت (ع) دفاع کردند. همچنین افغانستانی‌های دیگری که در کشور افغانستان و سایر کشورها بودند به سوریه رفتند. فاطمیون یکی از نیروهای فعال شیعه و مبارز افغانستانی است که برای دفاع از حرم عقیله بنی‌هاشم حضرت زینب کبری و حضرت رقیه سلام الله علیهما در مقابل نیروهای داعش در سوریه تشکیل شد. مجاهدان افغانستانی سپاه محمد (ص) که در افغانستان در خط مقدم بودند و نیروهای تیپ ابوذر که در زمان دفاع مقدس کنار رزمندگان ایرانی به دفاع از اسلام پرداختند، هسته اولیه فاطمیون را تشکیل دادند.

در ابتدا این جمع برای تجدید خاطره آن دوران، هیئت مذهبی را تشکیل داده و جمعه هر هفته دعای ندبه برگزار می‌کردند. مدیریت این هیئت هم با ابوحامد بود. با آغاز تجاوز به خاک سوریه، در اولین نوبت یک گروه ۲۲ نفره به‌صورت داوطلبانه به این کشور رفتند. این گروه ۲۲ نفره در ۲۲ اردیبهشت ماه ۹۲ راهی سوریه شدند و رسماً این یگان را تأسیس کردند.

بعد از آن دو گروه ۱۵ نفره و ۲۲ نفره دیگر هم راهی سوریه شد. فاطمیون در سال ۱۳۹۲ هجری شمسی با استعداد یک گروهان اعلام موجودیت کرد، تبدیل به تیپ شد و پس از آن به خاطر بالا رفتن استعداد نیرو و توان عملیاتی لشکر شد. نخستین فرمانده و موسس فاطمیون، شهید علیرضا توسلی اهل افغانستان، با نام جهادی ابوحامد بود که سال ۹۳ به شهادت رسید.

از عملیات لاذقیه در ارتفاعات کسب، عملیات آزادسازی شهر ملیحه در دمشق، عملیات دیرالعدس در درعا، عملیات تل قرین در درعا، عملیات بصری الحریر در درعا، نبرد پالمیرا و عملیات آزادسازی شهر البوکمال به عنوان دست آوردهای مهم این لشکر می‌توان یاد کرد.