امام باقر(ع) وصیت کرده بودند در لباسی که در آن نماز می‌خوانده‌اند، دفن شوند. مزار ایشان در قبرستان بقیع، کنار مرقد پدرشان، امام سجاد (ع) و عموی پدرشان، امام حسن (ع) است.
آنچه امام را در پس پرده غیبت نشانده، عدم وجود یاورانی مخلص و فرماندهانی با معرفت است، کم‌اند کسانی که دستورات امام را فرمان خدا دانسته و تسلیم محض ایشان باشند.