سیدمصطفی از ابتدای نهضت امام خمینی (ره) وارد فعالیت‌های سیاسی شد وی پس از دستگیری امام خمینی در قیام ۱۵ خرداد، برای آزادی ایشان و ادامه نهضت، تلاش زیادی کرد.
مرگ سید مصطفى طبیعى و عادى نبود، بلکه در اثر نوعى مسمومیت (به احتمال قوى به‌وسیله مأموران ساواک و یا مأموران امنیتى دولت عراق و یا تبانى آن دو دولت) به شهادت رسید.