مرتضی خانجانی، در سال ۱۳۶۱ به عضویت سپاه پاسداران درآمد و در سن ۱۷ سالگی و با آغاز جنگ تحمیلی به جبهه رفت. شهید خانجانی در چند عملیات از جمله عملیات مهران از ناحیه شکم مجروح شد.

این شهید بزرگوار در ۲۲ سالگی چند روز بعد از نوشتن اولین وصیت نامه خود، در تاریخ ۵ مرداد سال ۱۳۶۷، بر اثر اصابت ترکش در حالیکه فرماندهی گردان کمیل لشکر ۲۷ محمدرسول‌الله (ص) را بر عهده داشت، در عملیات غدیر و در منطقه عملیاتی کوشک پاسگاه زید به شهادت رسید.

شهید والامقام مرتضی خانجانی در گلزار شهدای بهشت هاجر ملایر آرمیده است.